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Quelle est l’origine du SARS-CoV-2 ? Comment ce virus est-il passé à l’espèce humaine ?

La pandémie est probablement en cours de régression, du moins pouvons-nous l’espérer. Cette crise sanitaire exceptionnelle laissera néanmoins des séquelles qu’il est encore impossible d’évaluer, et l’on nous annonce déjà qu’il faudra se préparer à faire face à d’autres infections émergentes… Cette anticipation impose que nous analysions la pandémie actuelle et ses origines. Or vous avez entendu depuis plus de 1 an des débats autour de l’origine du SARS-CoV-2, évoquant la possibilité que ce virus ne soit pas naturel mais synthétique, ou la possibilité qu’il se soit échappé d’un laboratoire. Nous vous proposons de faire le point sur l’état des connaissances concernant les origines du Covid, et les raisons qui conduisent certains virologues à s’interroger sur ces différentes hypothèses.

Rappels sur les débuts de la pandémie 

• Le 8 décembre 2019, un premier cas de pneumopathie sévère de cause inconnue est rapporté dans un hôpital de Wuhan, en Chine (1).

• Le 31 décembre 2019, l’accumulation d’observations conduit l’OMS à déclarer une épidémie de pneumonies d’allure virale, chez des patients qui auraient pour la plupart fréquenté le marché aux poissons et aux animaux vivants de Wuhan.

• Le 7 janvier 2020, l’agent pathogène est isolé : il s’agit d’un virus.

• Le 9 janvier, les autorités sanitaires chinoises et l’OMS annoncent l’identification de l’agent pathogène responsable : il s’agit d’un nouveau coronavirus, appelé 2019-nCoV.

• Quelques jours plus tard, le 12 janvier 2020, la séquence complète du génome de ce nouveau coronavirus est transmise par les autorités chinoises. Cette séquence sera publiée le 3 février (en ligne) dans la revue Nature par l’équipe d’une scientifique chinoise dont nous reparlerons : Zheng-Li Shi (2). Cette séquence diffère nettement de celles de l’agent du SRAS (SARS-CoV-1) et du MERS (MERS-CoV), mais le nouveau virus appartient comme eux à la famille des coronavirus provenant des chauves-souris (Fig. 1).

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