Le microbiome

Notre « soi-infectieux »

Nous avons déjà abordé ce sujet il y a quelques mois dans Rhumatos (1). Les progrès des techniques de séquençage de l’ADN ont permis de développer une nouvelle discipline scientifique, la métagénomique, qui consiste à décrire la biodiversité d’un milieu par la description de l’ensemble de son matériel génétique, de son contenu en ADN. Cette approche moléculaire a été un véritable bouleversement en microbiologie puisqu’elle a permis de constater que les techniques classiques de culture ne nous permettaient d’identifier qu’une très faible proportion des micro-organismes qui nous entourent, la grande majorité des bactéries étant incultivable. Il y a 15 ans, nous connaissions 2 000 bactéries. Nous en connaissons actuellement plus de 12 000, et les prévisions vont au-delà de 100 000 bactéries. Ces techniques de métagénomique ont permis la mise en place de consortiums internationaux dont l’objectif est de décrire les différentes flores bactériennes (ou microbiote) cutanée, respiratoire, orale, intestinale ou vaginale qui constituent notre « patrimoine bactérien », notre microbiome, en situation normale et en situation pathologique.