Si des excès de réponse T et/ou B vis-à-vis d’auto-antigènes du soi primaire sont indispensables à la pathogénie de certaines affections auto-immunes, le nombre de maladies méritant ce qualificatif s’est réduit comme peau de chagrin depuis que les progrès de la génétique, puis de l’épigénétique, ont démontré que les cellules présentatrices avaient un rôle plus primordial que les lymphocytes dans beaucoup de ces affections, qu’il faudrait donc dénommer autrement. 

Les maladies auto-inflammatoires

Le terme de maladies auto-­inflammatoires a ainsi été créé pour les pathologies rares dues à des variants génétiques responsables de réponses excessives de cellules de l’immunité innée, suite à leur provocation par divers dangers :  DAMPs (molécules altérées du soi primaire), ou PAMPs (comme les ADN microbiens, et bêta-glucanes du soi secondaire que sont nos microbiomes). 

La trained immunity

Des motifs épigénétiques

La plupart des affections jadis présumées auto-immunes (dont les rhumatismes inflammatoires chroniques : RIC) paraissent désormais également autant, voire plus, la conséquence d’un excès d’activation de cellules présentatrices que de réponses T et B excessives. Non pas pour des motifs génétiques (comme dans les maladies auto-inflammatoires), mais épigénétiques. Si elles sont régulièrement/intensément provoquées par de mêmes PAMPs (par exemple lors d’épisodes préalables de rhumatismes palindromiques), les modifications de leurs histones et/ou gènes (méthylations, acétylations, etc.) qui s’en suivent rendent en effet ces cellules présentatrices trop excitables, et trop bonnes présentatrices.